1.確定藥物是否污染或其污染程度，控制藥品的質量 微生物廣泛存在于自然界中，藥品在生產(chǎn)、運輸和儲存過程中很容易受其污染，在適宜的條件下，污染的微生物可生長繁殖，導致藥品變質，影響質量。通過藥品微生物限度檢測，可了解藥品是否受污染及其污染程度，查明污染的來源，并采取適當?shù)姆椒ㄟM行控制，以保證藥品的質量。

2.保證用藥的有效性和安全性 藥品作為特殊商品，除了要保證其的有效性，還要確保其用藥的安全性。其安全性一方面是指本身化學成分、含量是否安全，另一方面指藥物是否受微生物的污染。微生物的種類繁多，營養(yǎng)成分復雜，污染藥品后可能分解藥品的有效成分，導致療效降低或喪失，同時微生物的毒性代謝產(chǎn)物和部分病原微生物還可對患者造成不良反應或繼發(fā)性感染，甚至危及患者的生命，在國內外由于微生物污染藥品引起的藥源性疾病時有報道